Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
La città venne fondata da Dionisio di Siracusa nel 396 a.C. come colonia di mercenari che avevano partecipato alla guerra contro Cartagine, nel territorio della città sicula di Abacaenum (Tripi), in formidabile posizione strategica e già sede di un abitato dell'età del bronzo. Il nuovo insediamento prese il nome di Tyndaris, in onore di Tindaro, re di Sparta e sposo di Leda, padre putativo di Elena e dei Dioscuri, Castore e Polluce.
Durante la prima guerra punica, sotto il controllo di Gerone II di Siracusa, fu base navale cartaginese, e nelle sue acque si combatté nel 257 a.C. labattaglia di Tindari, nella quale la flotta romana, guidata dal console Gaio Atilio Calatino, mise in fuga quella cartaginese.
Con Siracusa passò in seguito nell'orbita romana e fu base navale di Sesto Pompeo. Presa da Augusto nel 36 a.C., che vi dedusse la colonia romanadi Colonia Augusta Tyndaritanorum, una delle cinque della Sicilia, Cicerone la citò come nobilissima civitas.
Nel I secolo d.C. subì le conseguenze di una grande frana, mentre nel IV secolo fu soggetta a due distruttivi terremoti
Sede vescovile, venne conquistata dai Bizantini nel 535 e cadde nel 836, nelle mani degli Arabi dai quali venne distrutta.
Vi rimase il santuario dedicato alla Madonna Nera di Tindari, progressivamente ingrandito, che ospita una Maria con il Bambino scolpita in legno, considerata apportatrice di grazie e miracolosa.
Esplorata e studiata già nel XVIII e nel XIX secolo, fu oggetto di indagini sistematiche e di impegnativi interventi di restauro dal dopoguerra agli anni '70, sotto la direzione di L. Bernabò Brea e di M. Cavalier e con la collaborazione di N. Lamboglia dell'Istituto di Studi Liguri.