Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
Santo Stefano Quisquina si trova nella maestosa e amena valle del Magazzolo, a 732 metri sul livello del mare e a 73 chilometri da Agrigento. La valle è ricca di acque, da sempre rinomate per freschezza e per salubrità. Oltre alle sorgenti del “voltano” e della “prisa”
nel territorio hanno origine i fiumi Magazzolo, Platani e il Turvoli.
Il paese è circondato da montagne verdeggianti. I monti sono molto belli, rimboschiti di pinete, ricchi di una flora assai eterogenea. Sin dalle origini il nome fu Santo Stefano e l'appositivo "Quisquina" venne aggiunto per via della vicinanza con il monte omonimo. Infatti, prima della sua fondazione, alcuni documenti attestano l'esistenza di un casale Sancti Stephani appartenuto, già nel X secolo alla famiglia Sinibaldi.
Il borgo fu fondato intorno al 1300 durante il regno di Federico II d'Aragona( 1296-1337) e il suo primo signore fu Giovanni di Caltagirone. A Giovanni successe il figlio Nicola, che viene ricordato per avere edificato un fortilizio a protezione del nuovo casale. Ad Antonio Caltagirone seguirono Giovanni e Ruggero Sinibaldi. Quest'ultimo si ribellò al re Martino d'Aragona ed i suoi beni furono confiscati e devoluti alla Reale Corona. Ruggero Sinibaldi era sposo di Maria Guiscarda, parente di Ruggero II, re dei Normanni. Dal loro matrimonio nacque Rosalia, proclamata santa e patrona del paese.
Nel 1396 divenne signore del paese Guiscardo de Agljs. Questa famiglia mantenne il potere in città sino al 1504 quando l'ultima erede, Giovanna, andò in sposa a Giovanni Larcan e i Larcan divennero i nuovi baroni del territorio.
Nel 1549 Vincenzo Larcan vendette la baronia e gran parte dei suoi beni al Protonotaro del Regno di Sicilia, Alfonso Ruiz, che fece dono della baronia alla madre Elisabetta nel 1574. Essendo, questa, moglie di Carlo Ventimiglia, nel 1599 ogni diritto transitò alla famiglia Ventimiglia e Pietro Ventimiglia (figlio di Elisabetta e Carlo) fu investito della baronia il 16 settembre 1599. Intanto il casale andava trasformandosi in un vero paese. I Ventimiglia, Principi di Belmonte, dominarono a lungo, sopravvissero anche ad eventi luttuosi e vi regnarono sino all'abolizione della feudalità. Il paese ebbe un particolare sviluppo sotto Giuseppe Emanuele Ventimiglia. Ai tempi di Re Martino I la Sicilia era stata divisa in quattro valli: di Mazzara, di Demone, di Noto, di Agrigento. In seguito la valle di Agrigento fu abolita, mentre quelle rimaste furono suddivisi in 43 comarche; fra queste quella di Castronovo a cui appartenne S.Stefano. Nel 1812 la comarca di Castronovo fu abolita e il paese passò sotto il nuovo distretto di Bivona.
Il paese assunse definitivamente la denominazione di S. Stefano Quisquina il 4 gennaio 1863. Sito su un territorio ricco di sorgenti, Santo Stefano Quisquina vanta una cospicua produzione di olive, cereali, agrumi, mandorle e mele. Il territorio è, in gran parte, adibito a pascolo e notevole è l'allevamento di bovini e ovini i cui prodotti si possono gustare nell'annuale Sagra del Formaggio che si tiene nel mese di maggio. Tipici sono gli oggetti dell'artigianato locale lavorati in legno, ferro e alluminio.