Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
Con i suoi 19,8 Kmq e uno sviluppo costiero di oltre 33 Km., è la maggiore delle isole Egadi ( le altre sono Levanzo, Marettimo, Formica, Galera e Galeotta e Maraone) a circa 7 km dalla costa, tra Trapani e Marsala di fronte alle Isole dello Stagnone ovvero l'aeroporto di Trapani "Birgi". Dista circa un'ora di navigazione dal porto di Trapani in nave, mezz'ora in aliscafo
Sull'Isola si trova il Monte Santa Caterina di 314 metri nonché una collina alta 252 metri, mentre sull'isola di Levanzo si trova una collina di 278 metri (Pizzo del Monaco e Pizzo Corvo di 201 mt).
La costa è prevalentemente rocciosa ma accessibile in massima parte; lungo la costa sud si trovano numerose spiagge sabbiose.Il clima è tipicamente mediterraneo. Durante la stagione estiva, le temperature sono alte ma mitigate dalla funzione termoregolatrice delle acque e dal vento, e l' estate si prolunga dal mese di maggio fino a quello di ottobre. Al contrario l'autunno e la primavera sono molto brevi e le perturbazioni si concentrano solo nella stagione invernale.
Dal punto di vista vegetazionale, Favignana si presenta generalmente brulla,offre tuttavia residui di macchia mediterranea. Di particolare interesse, inoltre, la rada vegetazione rupestre. Il terreno di natura calcarea ha reso possibile, fin dai tempi dei Romani, l'estrazione del tufo, con il quale sono state edificate abitazioni in Sicilia e nel Nord Africa. Le cave di tufo hanno consentito la crescita di piante spontanee, che ancora oggi costituiscono la caratteristica macchia mediterranea.
Protagonisti della fauna sono sicuramente i conigli selvatici e i vari esemplari d uccelli, come il biancone, il pellicano, il fenicottero, il cormorano, il grifone e il gruccione.
Fin dal paleolitico superiore (10.000 a.C.), Favignana si è rivelata come sicuro rifugio per l'uomo, del quale, nel corso degli anni, sono state trovate evidenti tracce nei pressi delle grotte del faraglione e nella grotta del pozzo in zona S.Nicola.
La stessa zona ospitò, attorno l'VIII secolo a C., i fenici dei quali sono tuttora visibili grotte di abitazione e di uso funerario. Anticamente venne chiamata Aegusa da Aegades o Aegates, che dava il nome al gruppo delle isole, Favignana.
Aegades in greco significa isola delle capre, e quindi l'Egusa assunse anche il nome di Capraia, ritenendosi che fosse popolata di capre selvatiche, come ne riferisce Omero nel libro dell'Odissea.
Si ebbe anche l'appellativo di Aponiana Insula, ed in seguito venne chiamata Favoniana in latino e Faugnana o Favignana in Italiano da Favonio, un vento caldo proveniente da ovest.
Le acque delle Egadi furono teatro delle celebri guerre puniche, che decretarono la supremazia dell'Impero Romano nei confronti del popolo cartaginese, con la conseguente conquista della Sicilia, che divenne a tutti gli effetti provincia romana.
Alla caduta dell'Impero romano seguirono le molteplici invasioni da parte delle popolazioni barbare (440 a.C.) e più tardi quella dei saraceni, artefici delle prime torri di avvistamento poste sul Monte S.Caterina, poi trasformate in fortezze da Ruggero II, re dei normanni.
Nel XIV secolo, al regno degli angioini, subentrò quello degli aragonesi, durante il quale Favignana dovette spesso subire insurrezioni, prigionie e soprusi dovuti alla cattiva amministrazione dei governanti.
Verso la metà del XVII secolo il governo dell'isola passò nelle mani del genovese Giacomo Frignoni, e poi, con Filippo III, fu venduta a Camillo Pallavicino.
Proprio grazie a quest'ultimo gli abitanti di Favignana incrementarono l'agricoltura e le attività di pesca dalle quali trassero maggior benessere. Ma il culmine venne raggiunto nel 1874, quando Ignazio Florio acquistò le Egadi per tre milioni dalla famiglia Pallavicino, impiantò il maggior stabilimento europeo per la lavorazione del pesce e rafforzò la mattanza.