Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Il comune deve il nome all'isolotto che gli sta di fronte chiamato appunto Isola delle femmine. Diverse leggende hanno subìto il fascino esercitato dalla torre ormai in gran parte diroccata che sovrasta l'isolotto. Quella più conosciuta narra che il bellissimo isolotto denominato "Isola delle Femmine" fosse stato un tempo una prigione occupata solo ed esclusivamente da donne. Tredici fanciulle turche, essendosi macchiate di gravi colpe, furono dai loro congiunti imbarcate su una nave priva di nocchiero e lasciate alla deriva. Vagarono per giorni e giorni in balìa dei venti e delle onde finché una tempesta scaraventò l'imbarcazione su un isolotto nella baia di Carini. Qui vissero sole per sette lunghi anni fin quando i parenti, pentitisi della loro azione, le ritrovarono dopo molte ricerche. Le famiglie così riunite decisero di non fare più ritorno in patria e di stabilirsi sulla terraferma. Fondarono quindi una cittadina che in ricordo della pace fatta, chiamarono Capaci (da "CCa-paci" ovvero: qui la pace) e battezzarono l'isolotto sul quale avevano dimorato le donne "Isola delle Femmine". Una testimonianza di Plinio il Giovane in una lettera indirizzata a Traiano, considera l'isola residenza di fanciulle bellissime che si offrivano in premio al vincitore della battaglia. Altra presunta origine trova nel nome latino "Fimis" la traduzione dell'arabo "fim" che indicherebbe la bocca, il canale che separa l'isola dalla costa.
In realtà il nome "isola delle femmine" è frutto di un lungo processo di italianizzazione, infatti l'antico nome dell'isolotto, secondo la tradizione popolare, era "Insula Fimi", anch'esso frutto di un processo di omologazione e derivato da "isola di Eufemio", dal nome del generale Eufemio di Messina, governatore bizantino della Sicilia.
Altra presunta origine potrebbe essere di derivazione dal nome latino "Fimis", a sua volta "latinizzazione" del termine arabo "fim", cioè l'imboccatura, lo stretto canale che separa l'isola dalla costa. Tale interpretazione è utilizzata da sito web ufficiale del Comune di Isola delle Femmine, per come qui trascritto:
«Dal bollettino ecclesiastico di Monreale datato 1912 si legge che, con l'antico nome di "isola di fimi", risalente al 1176, si intendesse l'isola che sorge all'imboccatura del seno marittimo che si estende verso ovest sino a Punta Raisi , nel territorio di Carini; definito anche "prope portum gali", poi Porto di Gallo nel 1581, ed oggi corrispondente al punto di Grotta dell'Olio, tra il promontorio di Barcarello ed il Malpasso. In data imprecisata venne costruita la tonnara di fimi, dal latino fimis trascrizione del vocabolo arabo fim (bocca o imboccatura), termine poi trasformato nel dialetto fimmini ed italianizzato in femmine.»
Sia la torre sulla terraferma, detta Torre di "dentro", sia quella sull'isolotto, detta Torre di "fuori", facevano parte del sistema di avviso delle Torri costiere della Sicilia. Quella sulla terraferma è sicuramente la più antica, di forma circolare; la tipologia del manufatto la fa risalire a quelle coeve di Capo Mongerbino e di Capo Rama, probabilmente costruite nel '400 al tempo del re Aragonese Martino il giovane. Quella sull'isolotto è invece di tipologia riconducibile all'architetto fiorentino Camillo Camilliani, molto più noto per essere stato l'artefice della Fontana Pretoria a Palermo.
Attualmente l'isola è una riserva naturale orientata (vedi: Riserva naturale orientata Isola delle Femmine) gestita dalla LIPU.
Nel settembre del 2017, l'isolotto è stato messo in vendita da un'agenzia immobiliare per conto degli eredi di Rosolino Pilo, che si dichiarano proprietari dell'isola fin dal 1600, la richiesta è stata di 3.500.000 euro.
Il territorio comunale, tra i meno estesi della provincia, è posto alle pendici di pizzo Mollica e montagna Raffo Rosso e comprende l'omonimo isolotto, detto anche Isola di Fuori. Il territorio è regolare, pianeggiante, e le coste sono basse e la maggior parte rocciose.
Il clima è prettamente mediterraneo, e quindi caldo e secco in estate e con precipitazioni concentrate soprattutto nel semestre invernale. Nei mesi più freddi non sono infrequenti i temporali e le tempeste di vento, ma le temperature non scendono mai sotto lo zero. Il valore più basso registrato dalla storica stazione meteo di Isola delle Femmine è stato di +1,4 °C durante l'ondata di freddo (che portò la neve fin sulle coste) del 31 gennaio 1962.Le stagioni estive, anche se calde, sono costantemente ventilate (grazie anche alle brezze che soffiano frequentemente lungo le coste siciliane) e generalmente non eccessivamente umide, fattori che contribuiscono a rendere piacevole il soggiorno ai numerosi turisti che arrivano in zona. La media termica annuale è di circa 20 °C, il mese più freddo è gennaio, ma le medie delle minime non scendono sotto i 10 °C, mentre agosto è il mese più caldo con massime intorno ai 31 °C e minime che si aggirano sui 22 °C. Mediamente cadono circa 650mm; il mese più piovoso è dicembre, quello più asciutto luglio.

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