La Chiesa di Sant'Agata al Carcere è costruita a ridosso del bastione, che da essa prende ilnome, facente parte delle mura spagnole (mura di Carlo V) del XVI secolo che delimitavano la città di Catania. Secondo la tradizione in questo luogo venne rinchiusa Sant'Agata prima di subire il martirio.
La chiesa, ad un'unica navata, presenta elementi relativi a secoli diversi e può essere divisa in tre parti.La parte prospettuale risale al XVIII secolo in quanto venne distrutta dal terremoto del 1693. La facciata è pertanto in stile barocco siciliano ed è stata realizzata in seguito all'abbattimento diparte del bastione e all'ampliamento della chiesa verso levante.L'antico portale in stile romanico, ricco difigure grottesche di uomini ed animali, vi fu montato due anni dopo;apparteneva infatti all'antico prospetto della Cattedrale normanna crollata colterremoto. Esso è realizzato in marmo bianco con arco a tutto sesto, retto dasei pilastri ricoperti in mosaico di marmo con figure e simbologie bibliche.
L' interno è realizzato in due stili diversi. La parte anteriore, ricostruita dopo il terremoto, è barocca con volta a botte, mentre la parte absidale è costituita dalla costruzione cinquecentesca con tetto a crociera poggiato su colonne di calcare sormontate da capitellicorinzi.
L'ingresso di quest'ultima era a mezzogiorno, esattamente dove ora c'è l'altare del Crocifisso. Si può vederel'antico ingresso murato, facilmente riconoscibile, girando attorno all'isolatodopo aver percorso via Garofalo, via Santa Maddalena e via Iacona.
La terza parte di cui consta la chiesa,aggiunta alla fine dell'800, è costituita dal presbiterio sul cui fondo possiamo ammirare il dipinto di Bernardino Nigro (1588) che raffigura il Martirio di S. Agata.
Sulla parete destra, nella zona antica,accanto al cancelletto da cui si accede al Santo Carcere, si trovano due lastre di pietra lavica che secondo la tradizione apparterrebbero a Sant'Agata che quìvenne imprigionata, nel gennaio del 251, prima di subire il martirio; in una di queste sono impresse le orme di due piedi che secondo la tradizione furonolasciate dalla Santa sulla soglia della prigione quando vi fu spinta peresservi rinchiusa. Nella stessa chiesa è conservato il coperchio di una piccola cassa di legno in cui le reliquie di Sant'Agata furono condotte a Catania dalla vicina Acicastello dove la notte del 17 agosto 1126 si erano fermati perriposare i due soldati Gisliberto e Goselino,reduci da un lungo e tormentato viaggio che li aveva portati sino a Costantinopoli allo scopo di riportare in Patria le Sacre Reliquie, trafugatenel 1040 dal generale bizantino Giorgio Maniace, dopo un'assenza di oltre 86 anni. In un locale di epoca romana attiguo alla chiesa esiste quello che èconsiderato il carcere di Sant'Agata da cui discende la denominazione della chiesa. La cella del carcere ove fu rinchiusa S. Agata misura m 5,90 * m. 2,65,ed il suo ingresso non era nello stesso punto dell'attuale, ma secondo alcuni storici, si trovava dove oggi è collocata una statua di S.Pietro col Bambino. E' certo tuttavia che la finestra che si affaccia sulla piazzetta del SantoCarcere, elegantemente arricchita da un bassorilievo raffigurante S.Pietro cheva a visitare S.Agata per consolarla, a quel tempo non esisteva, così come sicomprende dalla lettura degli atti latini del martirio nei quali è scritto cheella venne rinchiusa "in carcerem tenebrosum".
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Nella stessa chiesa è conservato il coperchio di una piccola cassa di legno in cui le reliquie di Sant'Agata furono condotte a Catania dalla vicina Acicastello dove la notte del 17 agosto 1126 si erano fermati perriposare i due soldati Gisliberto e Goselino,reduci da un lungo e tormentato viaggio che li aveva portati sino a Costantinopoli allo scopo di riportare in Patria le Sacre Reliquie, trafugatenel 1040 dal generale bizantino Giorgio Maniace, dopo un'assenza di oltre 86 anni. In un locale di epoca romana attiguo alla chiesa esiste quello che èconsiderato il carcere di Sant'Agata da cui discende la denominazione della chiesa. La cella del carcere ove fu rinchiusa S. Agata misura m 5,90 * m. 2,65,ed il suo ingresso non era nello stesso punto dell'attuale, ma secondo alcuni storici, si trovava dove oggi è collocata una statua di S.Pietro col Bambino. E' certo tuttavia che la finestra che si affaccia sulla piazzetta del SantoCarcere, elegantemente arricchita da un bassorilievo raffigurante S.Pietro cheva a visitare S.Agata per consolarla, a quel tempo non esisteva, così come sicomprende dalla lettura degli atti latini del martirio nei quali è scritto cheella venne rinchiusa 
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