Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Nel 878 dopo un lunghissimo assedio in cui furono massacrati circa 5.000 abitanti Siracusa venne conquistata dagli Arabi.
Essi razziano tutti gli edifici sacri, uccidono chi tenta di ribellarsi a loro e vietano la costruzione di nuovi edifici cristiani. Durante la dominazione araba però Siracusa conobbe un nuovo periodo di splendore grazie alle nuove attività matematico – scientifiche praticate dagli Arabi nella città. Nascono molte botteghe artistiche e ceramografiche che fecero di Siracusa un importante fulcro dell'arte araba in Sicilia.
Durante il periodo della Sicilia musulmana ci fu una profonda crisi politica che vede avversari l'imam Fatimide e i governatori Kalbiti. I Kalbiti, dopo essere stati sconfitti, avvertono l'imperatore bizantino, che decise di mandare una spedizione in Sicilia. Nel 1038, il generale bizantino Maniace tenta di riannettere Siracusa all'Impero Bizantino, anche se questo generale è tristemente noto per aver portato via il corpo incorrotto di "Santa Lucia" da Siracusa a Costantinopoli (da quest'ultima città il prezioso corpo della "Martire Siracusana" venne traslato a Venezia, dove ancora è custodito in attesa di un suo perenne ritorno nella città aretusea). Il generale inoltre fece costruire in città una fortilizio che ancora oggi, anche se ampliato da Federico II, porta il nome di Castello di Maniace.
Dopo vari anni di lotte arabo – bizantine, un nuovo popolo proveniente dal Nord Europa, i Normanni, aveva intenzione di impadronirsi della Sicilia. Siracusa venne allora conquistata dal condottiero normanno Ruggiero nel 1105. Il ruolo di capoluogo di regione, come detto prima, passò dalla città aretusea a Palermo, ritenuta sede più consona dai Normanni.
Intorno al 1200 la Sicilia passò agli Svevi; Federico II di Svevia ricoprì di privilegi la città di Siracusa e costruì una poderosa fortezza, il "Castello Maniace" (nome datogli in memoria del condottiero bizantino che combattè eroicamente gli Arabi anche se come "premio" ha ritenuto giusto portarsi a Costantinopoli il corpo di "Santa Lucia"), che utilizzò molte volte come residenza quando scendeva a visitare sia la città aretusea, sia la vicina città di Augusta (importantissima roccaforte sveva).
Alla morte di Federico II Siracusa passò sotto gli Angioini che governarono la città aretusea così come tutta la Sicilia con metodi dittatoriali. Fu così che tutte le città siciliane effettuarono contro gli Angioini la rivolta dei "Vespri Siciliani" facendo salire nel 1303 gli Aragonesi al "Trono di Sicilia".
Gli Aragonesi ricompensarono Siracusa e i siracusani con molti privilegi e onorificenze per l'aiuto dato a loro nella rivolta contro gli Angioini. Ma dopo alcuni anni, la pestilenza del 1348 e le lotte per governare i feudi siracusani fecero cadere nuovamente la città in decadenza.
Nel 1400 la Sicilia cade sotto la dominazione spagnola dei Vicerè, che governarono Siracusa in modo dissennato. Le cattive condizioni igieniche diffusero carestie e pestilenze che decimarono la popolazione, mentre la classe nobiliare pensava ad arricchirsi e diventare sempre più potente. Talvolta queste famiglie scatenavano gravi tumulti da cui scaturivano anche fatti di sangue. In poche parole il cosiddetto "Rinascimento" non portò a Siracusa quel benessere e quell'importanza culturale che le maggiori città italiane ricoprirono in quel periodo (Firenze, Milano, Roma e Napoli).
Nel 1500 le cose non cambiarono e inoltre nel 1542 un grave terremoto danneggiò Ortigia e portò nuovamente carestie e pestilenze nella città.
Nel 1600 la città tentò di risvegliarsi in qualche modo ma con esiti piuttosto negativi. Il 1649 fu un'altro anno molto nero per la città aretusea perchè la popolazione scatenò numerose rivolte contro il malgoverno del regime spagnolo. Le autorità cittadine filo spagnole punirono duramente i rivoltosi anche con sanguinarie esecuzioni.
L'11 Gennaio 1693 avvenne la catastrofe più grave per Siracusa e per la sua popolazione. Un catastrofico terremoto uccise la maggior parte della popolazione cittadina e ridusse ad un cumulo di macerie tutta la città.
La potente Siracusa che dall'inizio della sua fondazione e per tutti i secoli passati era considerata come una delle città più importanti del Mediterraneo malgrado le tante avversità, ora non era altro che una città fantasma colma di cadaveri e di macerie. La città di Siracusa incassò allora un gravissimo colpo che demoralizzò i cittadini sopravvissuti e causò numerosi altri problemi che afflissero la città aretusea fino a quando i cittadini non decisero di rimboccarsi le maniche per ricostruire la loro città.