Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
Nel transetto si trovano la Cappella della MadNel transetto si trovano la Cappella della Madonna delle Grazie e gli altari di San Nicolò e San Pancrazio.
Absidiola destra: Cappella della Madonna delle Grazie. Altare con colonne, architrave, volute e targa intermedia. Manufatto ricostruito nel 1747 con il reimpiego delle strutture gotiche provenienti dalla demolizione di una cappella della chiesa di San Pietro. Sulla mensa è collocata la statua raffigurante la Madonna delle Grazie, con la veste ricca e piena di dettagli, le espressioni dei personaggi dolci, la fanno somigliare ad un'altra opera di bottega, quella della Madonna della Scala nel duomo di San Pietro Apostolo di Ucria. Committenti dell'opera la famiglia Grugno, nucleo originario dalla Catalogna e giunta in Sicilia nel 1347, lo stemma gentilizio raffigura le tre teste di cinghiale, si vede ai due lati alla base della statua. Sulla parete destra una elegante edicola in stile rinascimentale ospita il viso di un Cristo Morto, sulla parete in alto un Crocifisso, nell'angolo su un piedistallo un Cristo Risorto. Nella parete sinistra è incastonato un tabernacolo di scuola gaginesca.
Braccio destro:
- Altare di San Nicolò di Bari. Sulla parete campeggia il dipinto raffigurante San Nicola di Bari, opera di Garofalo del 1653.
- Portale di Levante. si apre ad oriente, del Cinquecento ed è espressione piena del gotico siciliano della prima metà del XVI secolo. L'ogiva polilobata si presenta riccamente strombata come gli stipiti laterali.
Absidiola sinistra: Cappella del Santissimo Sacramento. Manufatto della fine del '600, in stile barocco con colonne dai capitelli ruotati.
Braccio sinistro:
- Altare di San Pancrazio. Sulla parete campeggia il dipinto raffigurante San Pancrazio.
- Portale di Ponente. È ubicato di fronte al Palazzo dei Giurati risalente alla seconda metà XV secolo è di scuola gaginesca, attribuibile ad uno dei figli del Cagini, interamente bordato di nera lava. Interessanti appaiono i bassorilievi che propongono i grappoli d'uva del simbolismo cristiano. Sull'architrave in pietra di Taormina, fra San
Committenti dell'opera la famiglia Grugno, nucleo originario dalla Catalogna e giunta in Sicilia nel 1347, lo stemma gentilizio raffigura le tre teste di cinghiale, si vede ai due lati alla base della statua. Sulla parete destra una elegante 
