Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Nelle due navate laterali trovano posto i sei altari minori. Degne di menzione sono le due cappelle poste ai lati dell'altare maggiore: quella di sinistra, del Sacramento, della fine del '600, è in stile barocco; quella di destra, della Madonna delle Grazie, fu invece ricostruita nel 1747 con il reimpiego delle strutture gotiche provenienti dalla demolizione di una cappella della chiesa di san Pietro, sempre di Taormina.
Agli altari alcuni dipinti di artisti messinesi del 440 e '500, tra cui; A. Giuffrè e Antonello De Saliba.

Navata di destra

Prima campata: Altare della Visitazione. Alla parete è collocato il dipinto raffigurante la Visitazione con San Gregorio e San Zaccaria in stile rinascimentale di Antonino Giuffrè del 1457, opera proveniente dalla chiesa del Varò. Nelle adiacenze è posto il fonte battesimale in marmo venato rosso.
Seconda campata: Alla parete è collocato il Polittico di Antonello de Saliba del 1504, nipote dell'ancor più famoso Antonello da Messina. Opera composta da sei tavole inserite in un "retablo" o cornice lignea intarsiata attribuibile al fratello dell'artista Pietro o al padre Giovanni. Nel pannello centrale è raffigurata la Vergine Maria e Gesù fra San Girolamo e San Sebastiano. In alto, al centro, la Deposizione di Cristo, fra Sant'Agata e Santa Lucia, nella predella l'Ultima Cena riprodotta in cinque quadretti. Manufatto proveniente dall'ex chiesa di San Sebastiano, oggi ex chiesa Sant'Agostino.
Terza campata: Altare della Vergine. Alla parete è collocato il dipinto raffigurante la Madonna non manufatta, opera dipinta su legno con motivi ornamentali in argento, già venerato presso la chiesa della Vergine Assunta in Cielo, tempio distrutto in epoca araba. Opera lungamente custodita presso la chiesa di Santa Maria dei Greci o della Madonna del Carmelo e convento dell'Ordine della Beata Vergine del Monte Carmelo. A lato è collocata una dedica e una preghiera alla Vergine datata gennaio 1693 da parte dei Giurati taorminesi per aver risparmiato la città dal terremoto del Val di Noto del 1693.
Quarta campata: Ingresso laterale destro.

Navata sinistra

Prima campata: alla parete è collocato il dipinto raffigurante la Madonna con bambino del XVI secolo, opera rinascimentale realizzata da Alfonso Franco raffigurante Maria al centro della scena, protetta da San Giovanni Battista e il profeta Elia. Nella lunetta è riprodotta una Crocifissione. Nelle immediate adiacenze e collocato un busto di San Pio di Pietrelcina.

Seconda campata: Altare di Sant'Agata. Sulla mensa è collocata la statua di Sant'Agata proveniente dalla distrutta chiesa di Sant'Agata del convento dell'Ordine dei predicatori di San Domenico, qui spostata in seguito ai bombardamenti del 9 luglio 1943. Il manufatto marmoreo del XVI secolo è attribuito a Martino Montanini. La famiglia Corvaja ne commissionò la realizzazione, come si evince dallo stemma "bandierato" che si trova scolpito nello scanello. Il blasone si ritrova anche a palazzo Corvaja, sulla porta d'ingresso di palazzo Ciampoli e che viene identificato come lo stemma più antico di questa famiglia.
Terza campata: alla parete è collocato il dipinto raffigurante l'Adorazione dei Magi dipinto del XIII secolo. Quarta campata: Ingresso laterale sinistro.