Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Cappella di San Giovanni Battista
La Cappella di San Giovanni Battista: nicchia - altare con mosaico nella calotta raffigurante San Giovanni Battista recante l'iscrizione ECCE AGNVS DEI, ECCE QVI TOLLIT in prossimità dell'ingresso lungo la parete meridionale. La cappella fu voluta dal sovrano dopo la costruzione della chiesa per celebrare fattivamente la "nascita" della sede metropolitana. La statua bronzea del Precursore è collocata su un fusto di un primitivo fonte battesimale.

Cappella di San Luigi dei Francesi
La Cappella di San Luigi dei Francesi fu eretta nel 1270 per ospitare le spoglie di Luigi IX di Francia morto a Tunisi durante l'ottava crociata assieme al cardinale Rodolfo (Raoul Grosparmi) vescovo di Albano, fervente sostenitore della campagna contro gli infedeli. Filippo III di Francia dispose il trasferimento dei resti mortali del padre nella basilica cattedrale di Saint Denis. Nella cappella altare che ospitò la sepoltura rimase un'urna contenente il cuore e le viscere. Per sdebitare il favore ricevuto, il re donò alla cattedrale un reliquario contenente la "Sacra Spina" appartenente alla Corona di Spine custodita a Parigi. Attualmente il cofanetto laccato è conservato nell'attigua Stanza del Tesoro. Alla fine del XVI secolo il vescovo Luigi de Torres restaurò il manufatto che oggi si presenta come espressione di stile barocco con un sarcofago recante le insegne regie poggiato su mensole. L'edicola sovrastante contenente il quadro raffigurante il sovrano è delimitata da colonne marmoree con capitelli corinzi sormontate da un timpano con volute a ricciolo e targa intermedia sovrastata da aquila coronata.

Cappella di San Benedetto
Primitiva Cappella di San Cataldo, nel 1561 il cardinale Alessandro Farnese fece trasferire l'altare di San Benedetto, in occasione del rifacimento della navata centrale. La Cappella di San Benedetto[15][18] era l'unico luogo previsto in epoca normanna deputato alla sepoltura dei membri dell'Ordine benedettino. L'ambiente occupa l'area compresa fra la parete meridionale e il portico del chiostro, era arricchito con affreschi di Antonio Novelli sostituiti da dieci bassorilievi marmorei di Giovanni Marino del 1728 raffiguranti scene di vita del fondatore dell'ordine. Sull'altare il rilievo Gloria di San Benedetto di Ignazio Marabitti del 1776 che sostituisce un quadro del Novelli. Dello stesso artista nell'ambiente è collocato il monumento funebre dell'arcivescovo Francesco Testa, mecenate e patrocinatore di molti interventi conservativi del complesso monastico, opera realizzata su incarico di re Ferdinando III di Borbone.

Cappella del Crocifisso
Cappella del Crocifisso o Cappella Roano. Ambiente in sfarzoso stile barocco d'ispirazione iberica, realizzato su commissione di Giovanni Roano e Corrionero, arcivescovo spagnolo, desideroso d'ospitare in uno spazio significativo il Crocifisso ligneo quattrocentesco che la tradizione popolare considerava dono del re Guglielmo. Il prelato affidò l'incarico di disegnare l'ambiente al frate cappuccino Giovanni di Monreale, artista in seguito sostituito dal gesuita Angelo Italia, che la portò a compimento nel 1686. Le decorazioni interne hanno per tema il sacrificio di Cristo attraverso personaggi, episodi biblici, raffigurazioni allegoriche, realizzati mediante il trionfo policromo di marmi mischi, colonne tortili, decorazioni a intarsio in marmo e legno sulle pareti con raffigurazioni di animali, mostri e puttini. L'elaborato apparato decorativo comprende le Cappelle dei Profeti (con statue raffiguranti i profeti maggiori Daniele, Ezechiele, Isaia, Geremia,) completate intorno al 1688 dai mastri marmorari Giovan Battista Ferrera e Baldassare Pampillonia. Sono rappresentati l'Albero di Jesse nell'edicola ove è custodito il Crocifisso, il Precursore con l'agnello e la croce, nei pilastri le figure allegoriche delle tre Virtù teologali: Fede, Speranza e Carità accompagnate dai loro simboli il Calice e l'Ancora. Nel pavimento gli intarsi marmorei raffigurano la scena relativa al profeta Giona e la balena, nel paliotto il Tempio di Gerusalemme realizzato da Salomone secondo il progetto suggerito a Davide. Per l'apparato decorativo pittorico nel 1692 Antonio Grano affrescò l'ambiente con la Battaglia degli angeli contro Lucifero, opera perduta, e nelle immediate adiacenze, un Cristo deposto, attribuitogli per stile.
Luogo di sepoltura per il vescovo committente, la cripta ospita le tombe di alti prelati della diocesi. Oggi l'ambiente è destinato a sede espositiva del Tesoro della basilica. Le cappelle del Crocifisso e di San Benedetto sono due notevoli esempi del barocco siciliano. Nota: L'albero di Jesse (o Iesse) è un motivo frequente nell'arte cristiana tra l'XI e il XV secolo e rappresenta una schematizzazione dell'albero genealogico di Gesù a partire da Jesse, padre del re Davide, il quale è di particolare importanza nelle tre religioni abramitiche, l'ebraismo, il cristianesimo e l'islam.

Cappella di San Castrense
La Cappella di San Castrense fu voluta da Guglielmo II per le reliquie portate a Monreale nel 1179 da Alfano, vescovo di Capua, quale dono di nozze per il sovrano. L'evento introdusse in Sicilia il culto a San Castrense. L'ambiente in stile barocco occupa il vano occidentale compreso tra la parete meridionale e il portico del chiostro. Presenta un ciborio con baldacchino, il quadro raffigurante San Castrense di Antonio Novelli padre di Pietro, il sepolcro di Ludovico II di Torres con effigie marmorea. Sculture di Pietro Bacchiotta, fiorentino e Marco Antonio d'Aprile palermitano.