Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
Nata con uno scopo precipuamente didattico e scientifico, conserva tuttavia numerosi pezzi di un certo interesse. Il nucleo principale della raccolta è costituito dagli scavi condotti personalmente dal barone nella stessa Cefalù (necropoli meridionale tra le contrade di "Santa Domenica" e di "Pietragrossa"), in altri luoghi della Sicilia e in particolare, nel 1864, nella necropoli di "Contrada Diana" a Lipari.
I diari di scavo originali sono andati perduti e le località di rinvenimento possono dunque essere determinate solo sulla base di più tarde descrizioni della raccolta. Unico riferimento resta l'opera di Celestino Cavedoni pubblicata nel Vol.V fasc.1 dell'anno 1869, in Atti e memorie delle Reali Deputazioni di Storia Patria per le Provincie Modenesi e Parmensi, dal titolo "Dichiarazione delle monete antiche dell'isola di Lipari raccolte dal Barone di Mandralisca Enrico Pirajno".
Dagli scavi di Lipari proviene oltre a ceramiche protocorinzie e a figure rosse, di produzione locale (Magna Grecia e Sicilia) un cratere, detto "del venditore di tonno". Si tratta di un "cratere a campana" a figure rosse datato negli anni 370 a.C.
Sono ancora presenti quattro "crateri" di produzione attica "a figure rosse", attribuibili al pittore della Centauromachia, una collezione di lucerne, ellenistiche, romane e cristiane, tra cui una in forma di testa di cinghiale e infine una statuetta della dea Demetra del IV secolo a.C.
Negli ultimi anni il nucleo originario della collezione archeologica si è arricchito di reperti provenienti dalla stessa Cefalù, tra cui un mosaico del I secolo a.C. con un cigno cavalcato da un amorino e fasce a decorazione geometrica e un sarcofago del tipo "a colonnine" di età tardo-ellenistica (II secolo a.C.).