Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
Le navate sboccano nel transetto, che le attraversa in senso trasversale.Nella parte destra del transetto vi è l'altare della Madonna del Carmelo, rappresentata da una elegante e raffinata statua lignea della Vergine, probabilmente realizzata nel Settecento da Carmelo Cultraro, scultore del legno e della pietra, progettista ed esecutore della struttura architettonica della stessa cappella. Nella parte sinistra si trova l'altare del Crocifisso, dove è inglobato un Cristo ligneo di buona fattura, accanto al quale, sulla parete si trova la tomba di Mons. Ferdinando Ricca, Vescovo di Trapani. La composizione rivela uno stile plastico vigoroso, dinamico e sintetico, utilizzato dall’artista vittoriese, molto attivo nell’area ragusana, per creare un’espressione scultorea di particolare bellezza religiosa e figurativa. Inoltre il Cultraro è stato l’artefice della Cappella del SS. Crocifisso e della Immacolata.Sul transetto si affacciano le due cappelle laterali: quella alla fine della navata di destra detta del Sacro Cuore; quella alla fine della navata di sinistra del SS. Crocifisso. Nella Cappella del Sacro Cuore troviamo sulla parete destra la tela che rappresenta “Il transito di Maria” di Giuseppe Mazzone, datata 1874. Sulla parete sinistra un'altra tela rappresenta “La Decapitazione del Battista” di scuola caravaggesca, e sotto vi è la lapide sepolcrale di Vittoria Colonna. Frontalmente si trova l'altare del Sacro Cuore di Gesù, a cui è intitolata la cappella.
Sulla sinistra del transetto si apre una cappella chiamata "oratorio", che era la sede della Congregazione del SS. Crocifisso, fondata nel 1644. La cappella di forma rettangolare conserva sulle pareti laterali diverse statue, ognuna delle quali rappresenta una virtù: quelle di sinistra simboleggiano la Temperanza, la Prudenza, la Penitenza e la Gloria; quelle di destra la Giustizia, la Mansuetudine, l'Obbedienza e la Serenità.
Nella parete di fronte dietro un altare barocco è dipinto un colonnato in prospettiva architettonica, con altre quattro statue, sempre dipinte che simboleggiano: la Speranza, la Pietà, la Misericordia e la Fede. Al centro dell'affresco è appesa una tela settecentesca (1727), di autore ignoto, priva di cornice che mostra il Cristo appena sceso dalla croce, attorniato dai personaggi partecipanti al dramma.
Sulla parete destra si trova una porticina dorata che immette in una nicchia.
Nell’incrocio tra la Navata Maggiore e il Transetto, sollevato da una gradinata delimitata da una balaustra di marmo policromo, vi sono il Presbiterio contenente eleganti stalli in legno, realizzati da Carmelo Poidomani nel 1890, e l’Altare Maggiore, monumentale e scenografico, arricchito da diversi marmi pregiati; al centro e in alto vi è la statua in legno di San Giovanni Battista, coperta da una tela dipinta con la stessa immagine. Nel soffitto sinistro del transetto vi è affrescato il Non Licet, realizzato dal pittore Emanuele Catanese nel 1861, mentre in quello destro è raffigurata l’Ultima Cena, dipinta dal Mazzone nel 1860, e, infine, nella volta dell’Altare Maggiore vi è la Decollazione del Battista, opera pittorica eseguita nel 1859 dal sacerdote Gaetano Di Stefano da Chiaramonte Gulfi.
Nella Cappella del Sacro Cuore troviamo sulla parete destra la tela che rappresenta “
