Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
La "Chiesa Inferiore" o "Cripta" è il primo luogo di culto consacrato alla "Madonna delle Lacrime", essa venne inaugurata nel 28 Agosto del 1968, appena 15 anni dopo la "Lacrimazione della Madonna" in Via degli Orti di San Giorgio. Qui vi erano esposti sia il Simulacro della "Madonna delle Lacrime", sia il Reliquiario che contiene tuttora le sue lacrime.
L'ingresso principale della "Chiesa Inferiore" è ubicato sotto quello principale della "Chiesa Superiore", mentre quelli laterali sono in tutto 18 e sono posti circolarmente tra le cappellette della Chiesa nuova (che immettono nelle cappelle laterali della Cripta).
Entrando dall'ingresso principale della Cripta possiamo notare un ampio atrio in cui vi sono allocati i "Musei" del Santuario.
La "Chiesa Inferiore" vera e propria è ubicata proprio nel cuore del Santuario; essa si presenta di forma circolare cinta da una sorta di balconata circolare provvista di scale che conducono alla Navata principale e alle Cappelle interne. La volta della Navata della Cripta presenta 22 travi poste circolarmente formando così una figura simile ad un sole. Il pavimento è lastricato con blocchi di marmo di color grigiastro. Al centro di essa vi è ubicata una costruzione tombale di epoca bizantina venuta alla luce durante la costruzione delle fondamenta del Santuario. Sotto di essa vi è una sorgente d'acqua sotterranea (ora murata) che molto probabilmente alimenta un piccolo fiumiciattolo che scorre sotto Siracusa.
L'Altare Maggiore della "Chiesa Inferiore", ubicato su di un piano semicircolare lastricato con blocchi di marmo rosso, si presenta piuttosto semplice. Qui vi era posta la statuetta miracolosa della "Madonna delle Lacrime", che restò nella Cripta dal 1968 al 1994.
La Navata circolare della Chiesa è circondata in tutto da 8 cappelle consacrate al "Sacro Cuore di Gesù", al "Crocifisso", ai "Santi Pietro e Paolo", alla "Sacra Famiglia", a "Santa Lucia" (Patrona di Siracusa e della sua Arcidiocesi), a "Sant'Agata", a "San Corrado Confalonieri" (Patrono della vicina città di Noto e della sua Diocesi) e a "San Francesco d'Assisi", tutte caratterizzate da stupendi mosaici murali che raffigurano i Santi a cui sono consacrate.
La Cappella consacrata al "Sacro Cuore di Gesù" è la più bella delle 8. Essa presenta un mosaico murale raffigurante "L'Apparizione del Cuore di Gesù a Santa Maria Alacoque" composto con tessere policromatiche che vanno a disegnare una spirale multicolore raffigurante "L'Amore dei Uomini verso Cristo". Al centro di questa spirale vi è posto il Tabernacolo dorato avente la forma di una gemma sfaccettata.
La "Cappella del Crocifisso" comprende un bel "Crocifisso" ligneo di epoca contemporanea scolpito e dipinto dallo scultore – pittore catanese Francesco Scialfa. Questo "Crocifisso" è chiamato "Il Cristo della Luce" poichè dalle ferite procurate dai chiodi nelle mani e nei piedi di "Cristo" sgorgano dei flebili fasci di luce, simbolo della "Potenza dell'Amore di Cristo che sconfigge la morte". Accanto al "Crocifisso" vi sono due quadri di fattura ottocentesca raffiguranti "La Sacra Famiglia" e "La Deposizione di Cristo".
La "Cappella dei Santi Pietro e Paolo" presenta dei mosaici raffigurati i due "Apostoli" che hanno diffuso la "Parola di Cristo" in tutto il mondo allora conosciuto. Qui vi è una bella Iconostasi in stile bizantino che raffigura "Gesù Cristo", la "Madonna con Gesù Bambino", i "Santi Pietro e Paolo", quattro "Angeli" ed è coronata da una formella semicircolare in cui è raffigurata "La Crocifissione di Cristo". Va detto che in questa Cappella si svolge il rito ortodosso della "Santissima Eucarestia".
Nella Cappella consacrata a "Santa Lucia" vi è lo splendido mosaico raffigurante il martirio della "Vergine Siracusana". Qui vi è anche la tomba in cui è seppellito Monsignor Calogero Lauricella (Arcivescovo di Siracusa dal 1973 al 1989). La costruzione del Santuario è stata voluta dal Monsignor Lauricella e proprio qui volle essere sepolto per stare vicino a "Maria". Questo monumento funerario (progettato dal Geometra Paolo Vasquez) reca un pregevole busto bronzeo (opera dello scultore Francesco Caldarella) raffigurante Monsignor Calogero Lauricella.
Le altre Cappelle recano mosaici raffiguranti "La Sacra Famiglia", "Sant'Agata" (Vergine e Martire Patrona di Catania e parente di "Santa Lucia"), "San Corrado Confalonieri" e "San Francesco d'Assisi" (opera dell'Istituto Artistico "Mellini" di Firenze).
