Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
La "Chiesa Superiore" del Santuario della Madonna delle Lacrime è l'edificio sacro più grande e spettacolare dell'intera Sicilia vista la sua enorme altezza (103 metri); difatti la sagoma conica della "Chiesa Superiore" è visibile anche fuori dal perimetro cittadino.
L'esterno della Chiesa orizzontalmente presenta la forma di "sole" (il cui diametro è di 71, 40 metri) di cui i "raggi" sono le cappellette interne dell'edificio sacro; mentre verticalmente presenta la forma di un cono rovesciato solcato da imponenti pilastri che vanno stringendosi andando sempre più in alto collegati da imponenti vetrate. Il vertice di questo cono (che funge da torre campanaria) è coronato da una splendida statua in oro massiccio raffigurante la "Madonna" circondata da due raggiere raffiguranti la "Luce della Salvezza". Questa statua, opera dello scultore siracusano Francesco Caldarella, tiene le mani giunte verso l'ingresso principale dell'edificio sacro, come per chiamare i fedeli ma soprattutto i non credenti all'interno del Santuario affinchè possano convertirsi ed essere fedeli a "Dio", a "Cristo" e alla "Madonna", che ha pianto per le sciagure che sono successe e tuttora succedono nel mondo. Di notte questa Statua viene illuminata da potenti luci trasformando metaforicamente la punta del Santuario in un "Faro" che guida le genti in questo "Porto del Cristianesimo". Tramite un moderno ascensore si può raggiungere il vertice della "Chiesa Superiore" avendo così la possibilità di ammirare uno dei panorami più belli della Sicilia dove Siracusa e i suoi territori limitrofi si stendono simbolicamente ai piedi della "Madonna".
Dopo aver oltrepassato il maestoso portale bronzeo raffigurato con episodi del Nuovo Testamento, possiamo ammirare l'ampia Navata interna della "Chiesa Superiore" di forma circolare, in grado di contenere ben 17000 persone (6000 sedute e 11000 all'impiedi) dotata di 22 cappelle laterali. Andando verso il centro della Navata possiamo ammirare la maestosa volta conica della chiesa, le cui vetrate danno vita a intensi giochi di luce che vanno ad intensificarsi sempre di più andando vero l'alto, dando così al visitatore un senso di mistica elevazione verso la "Luce di Dio", non basta vedere le foto sottostanti, questa è una sensazione da provare sul posto. Non è da meno la pavimentazione marmorea della Chiesa, che raffigura una grande stella posta in posizione simmetrica rispetto al punto più alto della volta, occupando così la parte centrale della "Chiesa Superiore".
Qui possiamo ammirare lo splendido Presbiterio in pietra iblea, marmo e bronzo, opera dello scultore Giancarlo Marchese. Esso è formato dall'Altare la cui base in bronzo raffigura alcune scene della cosiddetta "Apocalisse", mentre la parte superiore è in pietra iblea. Qui vi è incisa una frase in greco che dice "Cristo ha amato la Chiesa e ha dato se stesso per lei". Dietro vi è una semplice parete in marmo bianco ospitante il miracoloso Simulacro della "Madonna delle Lacrime".
L'Altare Maggiore è infine sovrastato da un "Crocifisso" settecentesco proveniente da una delle tante Chiese ubicate in Ortigia chiuse al culto.
Delle tante cappelle laterali ricche di notevoli opere d'arte, quelle più importanti sono la "Cappella del Santissimo Sacramento" in cui vi è un prezioso Tabernacolo dorato, e quella del "Reliquiario delle Lacrime", in cui vi è esposto il prezioso ostensorio contenente vari reperti legati alla "Lacrimazione della Madonna".
Questo prezioso Reliquiario, progettato dallo scultore rosolinese Biagio Poidomani, si divide in tre parti poste verticalmente. La prima parte racchiude il panno con cui vennero asciugate le lacrime piante dalla "Madonna", il velo che copriva la statuetta miracolosa, alcuni batuffoli di cotone utilizzati sempre per asciugare le lacrime e la fiala utilizzata l'1 Settembre 1953 per raccogliere ed analizzare le "Lacrime della Madonna". Ai lati di questa teca vi sono raffigurate le figure dei "Santi Pietro Paolo Marziano e Lucia". La seconda parte possiede quattro pannelli raffiguranti la lacrimazione della "Madonna". La terza ed ultima parte del Reliquiario racchiude una provetta circondata da quattro Angeli contenente le lacrime ormai cristallizzate della "Madonna".
All'interno della "Chiesa Superiore" vi è un piccolo negozietto in cui si possono comprare oggetti sacri, souvenir, quadretti, immaginette, statuette, libri e quant'altro sulla "Madonna delle Lacrime".