Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Pantalica torna a rifiorire all'incirca a partire dalla metà del IX secolo, quando Cassibile sembra improvvisamente scomparire, così come improvvisamente si era sviluppata. Questo ritorno è senza dubbio in rapporto con una mutata situazione politica.
Nel secolo che precede la fondazione di Siracusa, Pantalica attraversa un periodo di rinnovato splendore, di cui sono testimonianza le vaste necropoli di Filipporto, della Cavetta e la massima parte delle tombe della necropoli Sud, su entrambe le sponde dell'Anapo, oltre a quella al di là del Calcinara.
Alcune tombe di queste necropoli dimostrano d'altronde che la vita continua a svolgersi ininterrotta a Pantalica, anche nel periodo successivo (età del Finocchito), nei decenni, cioè che seguono la fondazione delle prime colonie greche sulle coste orientali della Sicilia e in cui la civiltà indigena sta rapidamente grecizzandosi.
Inizia così un lungo periodo di rapporto-scontro fra Pantalica e le nuove colonie greche, soprattutto Leontinoi e Siracusa, che porterà alla definitiva scomparsa di Pantalica. Contro lo strapotere della nuova colonia calcidese, Il re Hyblon si appoggia ai Magaresi, scacciati da Leontinoi, consentendo ad essi di fondare Megara Hyblaea nel proprio territorio.
Intanto Siracusa si espande nel retroterra ibleo con la fondazione di Akrai nel 664 a. C. e di Kasmenai vent'anni dopo. Testimonianza di questo periodo è la costruzione della trincea di fortificazione, rafforzata da un muro a grandi blocchi in struttura isodoma, che sbarra la sella di Filipporto, e cioè l'unico accesso facile alla fortezza naturale in cui si è sviluppata la città.
Notizie ulteriori della zona sono fornite da Tucidide che parla di operazioni belliche nel retroterra siracusano nel periodo dell'assedio ateniese di Siracusa del 416-413 a. C.
Le tracce di un santuarietto di Demetra e Kore, visibili nel pianoro sottostante l'Anaktoron, indicano la continuazione di un culto agreste, forse quello delle divinità polìadi dell'antica Hybla, fino all'età ellenistica e romana.