Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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Dopo secoli di silenzio, nel corso dell'VIII e IX secolo d. C., il sito di Pantalica si ripopolò a causa dalle incursioni dei barbari, dei pirati e poi degli arabi, e le popolazioni dovendo cercare rifugi sicuri li trovarono nei suoi ripari inaccessibili; si hanno così le testimonianze di epoca bizantina.
Sfruttando e ampliando le grotte delle necropoli preesistenti, i bizantini costruirono abitazioni e luoghi di culto rupestri.
A questo periodo risalgono i resti di tre chiesette e tre villaggi.
Il primo si trova a ridosso della necropoli Cavetta e conta circa 70 abitazioni. Luogo di culto era l'oratorio del Crocifisso, con resti di affreschi raffiguranti la crocifissione e S. Nicola.
Il secondo villaggio si trova nelle balze sotto l'Anaktoron, nella necropoli Sud e ha come centro religioso l'oratorio di S. Nicolicchio, abbellito da affreschi e scritte di cui sono visibili, però solo frammenti di figure, identificabili in S. Elena e S. Stefano.
Il più grande di questi villaggi si trova fra la necropoli Sud e la sella di Filipporto ed è composto da più di 150 abitazioni a più stanze e da una chiesetta denominata di S. Micidiario, che presenta un affresco, dietro la nicchia centrale, raffigurante il Cristo pantocratore.
Il nome di Pantalica è senza dubbio di età bizantina.