Al periodo medievale risale la Chiesa Madre che, oltre a interessanti opere d'arte figurativa e decorativa, conserva uno stupendo sarcofago greco-romano riutilizzato in epoca medievale come tomba dei signori di Sclafani. Nel Settecento proprio il sarcofago indusse Jean Houel ad includere Sclafani nel suo Grand Tour. Nel periodo del feudalesimo la vastissima Contea di Sclafani passa ad alcune delle principali famiglie del Viceregno, come i Prades, i Rosso, i Luna e i Moncada.
Cosi, anche con il concorso dei suoi cittadini più sensibili, Sclafani si arricchisce di alcune importanti istituzioni come il Monte di Pietà e l'Ospedale, l'Accademia letteraria della Pace, il monastero femminile di clausura di Santa Chiara e numerose chiese.
In epoca moderna, il territorio della contea di Sclafani è stato smembrato con il sorgere, in feudi a esso pertinenti, di alcune "città nuove": Valledolmo, Alia e Aliminusa.

Chiese non più esistenti
• Chiesa di San Pietro (esistente nel 1459)
• Chiesa di Sant'Antonio, fuori le mura. Vi era conservata una statua lignea di Sant'Antonio.
• Chiesa del Salvatore, chiesa di San Leonardo, chiesa di San Calogero e chiesa di San Vito, citate fuori le mura.
• Chiesa di San Nicolò, che ospitava una statua del santo titolare e l'omonima confraternita.
• Chiesa dell'Annunziata, ricostruita nel 1604.
• Chiesa di Santa Rosalia (esistente nel 1741.
• Chiesa di San Rocco
• Chiesa di San Biagio, con tela del santo titolare del pittore Matteo Sammarco del 1654.
Nel 1752 su una popolazione di 1.026 abitanti vi sono 17 sacerdoti.